Раздел "Армяно-азербайджанский, Нагорно-Карабахский конфликт" состоит из восьми подразделов, позволяющих всесторонне изучить эту проблему. Первый подраздел посвящен истории Карабаха - территории, на которую претендует Армения, пытающаяся оторвать ее от Азербайджана путем захватнической войны. Здесь, после определения этимологии слова "Карабах", дана информация об истории, территории и границах Карабаха, его история разделена на периоды в соответствии с историческим развитием Азербайджана, прокомментированы основные события. Изучение исторического развития Карабаха доказывает, что он во все исторические этапы являлся неотъемлемой частью Азербайджана, развивался в соответствии с историей Азербайджана. Исторические корни территориальных притязаний Армении к Карабаху, их насильственная суть, агрессивный характер войны Армении против Азербайджана доказаны фактами.
Второй подраздел посвящен связям "Карабахской проблемы и армянского вопроса" и формам их проявления. Для более глубокого осмысления армянской натуры в этом подразделе даны критические высказывания передовых мыслителей мира об армянах и самих армян о себе.
В третьем подразделе разъясняется начало захватнической войны Армении против Азербайджана, ход войны, процесс оккупации азербайджанских территорий, захватнический режим на оккупированных азербайджанских землях. Здесь просматривается позиция Азербайджана, связанная с решением конфликта, в целом ход процесса урегулирования конфликта.
Четвертый подраздел посвящен Ходжалинскому геноциду, учиненному армянами в ходе захватнической войны Армении против Азербайджана. Здесь Ходжалинская трагедия утверждена как самый ужасный геноцид и международное преступление XX века, отведено широкое место отношению к ней международной общественности и свидетельским показаниям.
Пятый подраздел о гуманитарном бедствии, возникшем в результате захватнической войны Армении против Азербайджана. В подразделе представлена захватническая деятельность Армении в Карабахе и других регионах Азербайджана, сопровождающаяся актами геноцида. Здесь дана информация о тяжелых жилищных условиях беженцев и вынужденных переселенцев, о заложниках и пропавших без вести, фактами доказано противоречащее международным правовым и гуманистическим принципам бесчеловечное обращение армян с пленными азербайджанцами, ужасы в отношении женщин и детей, ставших жертвами армянской оккупации.
В шестом подразделе дана информация об армянском терроризме - опаснейшей части международного терроризма, превратившегося в основной источник опасности для современного мира, а также дана информация об армянских террористических организациях, террористически-диверсионных актах, совершенных в Азербайджане, приведена их хронология. Здесь фактами доказано, что Армения является страной, поддерживающей терроризм.
Седьмой подраздел повествует о тяжелых социально-экономических последствиях оккупации азербайджанских земель Арменией. Вначале даются сведения о природных ресурсах азербайджанских земель, оккупированных Арменией. Затем по основным отраслям квалифицируется ущерб, нанесенный оккупированным землям, определяется масштаб экологического, социального, психологического, экономического, материально-духовного ущерба, приводятся факты армянского вандализма в отношении к историческим памятникам Азербайджана.
Часть документов, приобретенных для отображения закономерности результатов, достигнутых в области урегулирования Карабахской проблемы, размещена в специальном, восьмом подразделе. Здесь приведены Кюрекчайский договор между Карабахским ханством и Российской империей, заключенный 14 мая 1805 г., подписанные между Россией и Ираном в 1813 и 1828 гг. Гюлистанский и Туркменчайский договоры, документы об антиазербайджанской деятельности армянской партии "Дашнакцутюн", относящиеся к Карабаху документы периода АДР (1918 -1920 гг.) и первого периода Азербайджанской ССР. Особое место здесь занимают документы и материалы о депортации азербайджанцев из Армении в 1948-1953 гг. Исторические документы завершаются постановлениями, решениями и документами, принятыми международными организациями (ООН, ОБСЕ и ПАСЕ).